Cukinie umyj, osusz i przekrój wzdłuż na połówki. Za pomocą łyżeczki wydrąż środek tak, aby powstały łódeczki, zostawiając dookoła niezbyt cienką warstwę miąższu. Oprósz wnętrze każdej połówki odrobiną soli i ułóż cukinie w naczyniu do zapiekania lub na blasze wyłożonej papierem. Wstaw do piekarnika nagrzanego do 190 stopni C i podpiecz przez około 15 minut. Ten etap jest ważny, bo dzięki niemu cukinia po końcowym pieczeniu będzie miękka i dobrze połączy się z farszem.
W czasie, gdy cukinie się podpiekają, przygotuj nadzienie. Cebulę obierz i pokrój w drobną kostkę. Paprykę również pokrój w małą kostkę – nie wrzucaj jej surowej do farszu, bo po upieczeniu mogłaby zostać zbyt twarda i wyraźnie odstawać konsystencją od reszty składników. Na patelni rozgrzej olej, dodaj cebulę i smaż 2–3 minuty, aż się zeszkli. Następnie wsyp pokrojoną paprykę i smaż razem przez kolejne 5–6 minut, mieszając, aż zmięknie i odda swój smak.
Do warzyw wlej passatę pomidorową, dodaj cukier, paprykę wędzoną, oregano, chili, sól i pieprz. Całość dokładnie wymieszaj i gotuj na małym ogniu przez 3–4 minuty, aż sos lekko zgęstnieje. Fasolę i kukurydzę odsącz na sitku, po czym dodaj do patelni. Ponownie wszystko wymieszaj i podgrzewaj jeszcze 2–3 minuty. Farsz powinien być gęsty, ale soczysty. Jeśli wydaje się zbyt rzadki, potrzymaj go chwilę dłużej na ogniu bez przykrycia.
Podpieczone cukinie wyjmij z piekarnika. Nałóż do każdej połówki porcję przygotowanego farszu, lekko go dociskając, ale bez przepełniania łódeczek. Wierzch posyp startą mozzarellą lub innym serem do zapiekania. Wstaw naczynie ponownie do piekarnika i piecz jeszcze około 15 minut w temperaturze 190 stopni C, aż ser się roztopi i lekko zrumieni. Jeśli chcesz uzyskać bardziej zapieczony wierzch, na ostatnie 2 minuty możesz włączyć funkcję grilla. Po wyjęciu odstaw cukinie na 5 minut, aby farsz lekko się ustabilizował i łatwiej było je podać.